Секвенирование возбудителя covid имеет решающее значение для остановки распространения вируса и разработки эффективных вакцин против него.
«Мне нужно отменить наш чат, мне срочно звонят в Индию», — пишет профессор Шэрон Пикок в последнем электронном письме. Поскольку пандемия поставила субконтинент на колени, Пикок и ее команда экспертов по геномному секвенированию из Консорциума Covid-19 Genomics UK, известного как Cog-UK, предлагают своим индийским коллегам технический опыт в области эпиднадзора за вирусами.
Мониторинг вируса по мере его мутации путем секвенирования его генома — это то, в чем Пикок и ее команда за последний год стали мировыми экспертами.
В марте 2020 года, когда разразилась пандемия, Пикок, кембриджский эксперт по секвенированию патогенов и директор Службы общественного здравоохранения Англии, сразу понял, что Великобритании потребуется создать общенациональную сеть секвенирования для мониторинга вариантов вируса. Она побеседовала с сэром Патриком Валлансом, главным научным советником правительства, сделала несколько телефонных звонков, собрала 20 человек в комнату и вместе они написали план того, что сейчас называется Cog-UK.
Лаборатории диагностического тестирования NHS / PHE согласованы с секвенированием COG
«Когда я звонил людям, я спросил их:« Я думаю, нам нужно создать сеть секвенирования в Великобритании. Вам это кажется правильным, и вы бы поддержали это? », — вспоминает она.
«Что меня удивило, так это не энтузиазм ученых, а то, как быстро мы это сделали. Мы перешли от 20 человек в комнате 20 марта к полностью финансируемому консорциуму 1 апреля, и это было нелегко. Мы создаем этическую основу, структуры управления, структуры управления и рабочие группы, инфраструктуру — все с нуля ».
Четыре дня спустя на стол сэра Патрика попала заявка. «Он был сторонником с самого начала, и эти отношения с Патриком были очень важны», — говорит она.
То, что сделали Пикок и ее коллеги, было объединить весь опыт страны в области геномного секвенирования под одним зонтом. Она говорит, что они эффективно «задействовали» все возможности, прося каждого ученого или исследователя, в основном в университетах, у которых была машина для секвенирования и которая знала, как ее запускать, остановить свои исследования и помочь, став частью Cog-UK.
Профессор Шэрон Пикок, автор идеи Cog-UK
К счастью, каждый хотел участвовать. Многие из ученых, участвовавших в создании Cog-UK, хорошо разбирались в секвенировании патогенов и даже побывали в Западной Африке во время вспышки Эболы.
«Это было довольно рискованно, — говорит Пикок. «Потому что то, что делала Cog-UK, никогда раньше не делалось».
Институт Wellcome Sanger, исследовательский гигант в области геномики и генетики, внесший 5,5 млн фунтов стерлингов в фонд Cog-UK, также был задействован в дополнение к четырем агентствам общественного здравоохранения. Вместе с правительственным грантом в размере 14,5 млн фунтов стерлингов из Фонда борьбы с Covid организация собрала необходимые ей 20 млн фунтов стерлингов.
Результатом этого замечательного начинания стала малоизвестная сегодня сеть лабораторий по секвенированию генов по всей стране, в которую более 100 больниц и испытательных центров подают образцы для генетического анализа.
Пикок объясняет, что это сложная логистическая операция, что-то вроде работы в супермаркете.
«У нас есть курьеры, которые знают, где брать пробы. Это не случайно, а очень четко спланировано, в какую лабораторию секвенирования будет поступать образец из конкретной больницы. Их нужно транспортировать при установленной температуре, они прибывают в массовом порядке, и нужно отбирать положительные моменты ».
Профессор Рави Гупта, профессор клинической микробиологии в команде Пикока, помог открыть вариант Кента Фото: Дэвид Роуз
На данный момент Cog-UK секвенировала геномы более 452045 патогенов Covid, и из всех секвенированных геномов Covid в мире половина была сделана Cog-UK. Великобритания здесь намного превосходит свой вес. Все эти данные публикуются в базе данных, отслеживаются и анализируются.
«Секвенирование стало неотъемлемой частью борьбы с пандемией, оно не является обязательным, — говорит Пикок.
Понимание вирусных мутаций имеет решающее значение для органов общественного здравоохранения, правительств и разработчиков вакцин и является ключом к тому, чтобы опережать тенденции и останавливать распространение. Но только недавно другие страны начали это понимать, говорит Джейсон Бетли, научный директор компании Illumina, занимающейся секвенированием генома. По его словам, незнание того, как мутирует вирус, похоже на полет вслепую.
«Причина, по которой вариант B117 Kent стал важным, заключалась в том, что он вырос из ничего и стал доминировать над всей Великобританией за считанные недели, и это говорит о том, что в нем есть что-то особенное, и как страна, вы, возможно, захотите изменить свой образ жизни. приближаются к этой проблеме », — говорит Бетли.
Около 70% геномов Covid, секвенированных в мире, было выполнено с использованием технологии Illumina. Американская компания, имеющая крупную научно-исследовательскую лабораторию в Кембридже, унаследовала технологию секвенирования нового поколения после приобретения в 2007 году дочерней компании Solexa в Кембридже. Геномное секвенирование зародилось в Великобритании, отмечает Бетли.
Геномное секвенирование | Родился в Великобритании
Illumina начала работать с Peacock во время вспышки MRSA 10 лет назад, отслеживая распространение патогена и изучая мутации. Сэнгер также является одним из самых важных клиентов Illumina, и, когда институт впервые начал секвенировать вирус Covid год назад, было много сотрудничества. По просьбе Сэнгера компания Illumina разработала более быстрый способ секвенирования патогена — всего за четыре дня.
Затем компания решила создать свой собственный продукт для секвенирования Covid, который можно было бы коммерциализировать для других клиентов. В апреле над этим проектом была привлечена большая команда, а в начале июня он получил одобрение регулирующих органов — трехмесячный процесс, который обычно занимает три года. «Поскольку мы бросили все, включая кухонную раковину, и все наши лучшие люди работали семь дней в неделю, мы сделали это», — говорит Бетли.
Illumina и ее британский конкурент Oxford Nanopore, возможно, ожидали, что они будут отвечать на телефонные звонки от органов здравоохранения со всего мира, отчаянно пытающихся заполучить эту технологию. Не так. Фактически, главный врач Illumina, доктор Фил Феббо, следующее лето провел, стуча в двери в США, пытаясь заинтересовать организации в геномном надзоре: «Когда мы запустили его летом, люди не обязательно предвидели важность секвенирования всего основа вирусного генома, все, что их интересовало, было тестирование ПЦР.
«Только когда мы начали выявлять эти вызывающие беспокойство варианты, другие поняли, что им нужно заниматься секвенированием, иначе они не поймут, что у них под носом».
Теперь, говорит он, стучат в дверь Illumina. И тест, который он разработал прошлой весной, сейчас находится в руках десятков организаций. Производство значительно расширилось, чтобы удовлетворить спрос.
За последний год цена акций Illumina выросла на 68%. Пандемия также изменила состояние Oxford Nanopore. Он планирует разместить акции в Лондоне, что, по мнению многих, станет одним из крупнейших в году и может оценить компанию в 7 миллиардов фунтов стерлингов.
«Эта сфера бурно развивается благодаря крупным внутренним инвестициям в начинающие компании, занимающиеся секвенированием. Потенциал технологии по трансформации исследований и диагностики лекарственных средств только начинает реализовываться », — говорит Бетли. «Это была интересная поездка, и сейчас мы находимся на дикой фазе».
Свежие комментарии